گندم از ابتدای کاشت تا زمان برداشت، مورد حمله عوامل بیماریزای قارچی، ویروسی، باکتریایی و نماتدها قرار می‌گیرد و از عوامل غیرانگلی نیز آسیب می‌بیند.
بنابراین کاهش و به حداقل رساندن خسارت و یا به عبارت دیگر کنترل این عوامل، می‌تواند نقش بسزایی در افزایش تولید گندم داشته باشد.
مهمترین بیماریهای گندم در کشور و برخی روشهای مبارزه با هریک از آنها (که نتیجه تحقیقات در کشور است) بشرح زیر می‌باشد:
زنگها
سفیدک پودری
زنگ زرد
زنگ قهوه‌ای
زنگ سیاه
سپتوریای برگ گندم
سپتوریای سنبله گندم
پوسیدگیهای ریشه و طوقه گندم
فوزاریوم سنبله گندم
پاخوره گندم
سیاهک‌ها
سیاهک پنهان گندم
سیاهک پنهان پاکوتاه گندم
سیاهک ناقص (کارنال بانت)
سیاهک آشکار
نماتد گال بذر
