برخی از مشکلاتی که در یک سیستم دستی و گردش کاغذی سازمان میتوان به آن اشاره کرد، به شرح زیر است:
- نگهداری و انجام سیستم دستی نیازمند نیروی انسانی زیادی است و کنترل دقت و سرعت و نظارت بر نیروی انسانی زیاد مستلزم سیستمی دیگر و نیروی انسانی دیگر است.
- مراحل مختلف ورود نامه، ثبت، ارجاع و جابه جایی نامهها بین واحدهای مختلف تا رسیدن به دست کارشناس ذیربط و برعکس، تهیه پیش نویس پاسخ نامه توسط کارشناسان، حروف چینی، انجام اصلاحات توسط مدیران در هر مرحله و در نهایت امضا، ثبت و خروج نامه، مراحلی زمان بر و مستلزم ثبت چندباره یک نامه در قسمتهای مختلف و در نتیجه بکارگیری نیروی انسانی زیاد برای حفظ کارآیی آن است.
- امکان مفقود شدن عمدی و سهوی اسناد، نامهها و پروندهها وجود دارد؛ به ویژه در زمان جابجاییهای سازمانی و زمان تغییرات ساختاری یا تغییر محل یک واحد یا سازمان از مکانی به مکان دیگر.
- استهلاک اسناد بر اثر مرور زمان و شرایط محیطی و جوی
- احتمال از بین رفتن اسناد در حوادث غیرمترقبه از قبیل آتش سوزی، زلزله و ...
- اختصاص فضای زیادی برای نگهداری لاشه فیزیکی مکاتبات و پروندهها
- طولانی شدن فرآیند جستجوی نامه در خیل عظیمی از بایگانیها (وقت و نیروی انسانی)
- هزینه زیاد خرید کاغذ، انواع دستگاه تکثیر و نگهداری آنها
- هزینه نیروی انسانی برای نگهداری و دسترسی به اسناد و مدارک موجود
- امکان جعل و سوء استفاده از مکاتبات اداری و احتمال اندک کشف آنها
- عدم امکان برنامه ریزی بر مبنای حجم و میزان فعالیت و مکاتبات هر بخش به علت عدم وجود آمار قابل اتکا
- عدم امکان گزارش گیری از فعالیتهای زیر مجموعه به صورت سیستمی و نیز عدم امکان کنترل صحت آمار و گزارشهای واحدهای مختلف در مورد انجام فعالیتها