اتوماسیون اداری برای جریان اطلاعات در داخل سازمان مناسبت‌تر است تا بین سازمان و محیط؛ زیرا خیلی از کاربردهای اتوماسیون اداری به فرستنده و دریافت‌کننده برای استفاده از وسایل سازگار و یا پروتکل‌های ارتباطات نیاز دارد. البته باید مدنظر داشت که اتوماسیون اداری تمام ارتباطات را فراهم نمی‌سازد. مدیران هنوز از تلفن، جلسات حضوری و خواندن گزارش‌های اداری استفاده می‌کنند. اتوماسیون اداری راهی برای تکمیل و ایجاد ارتباطات خاص است، ولی هنوز مدیران به استفاده از گزارش‌های غیررسمی ادامه می‌دهند.
اتوماسیون اداری عمدتاً یک سیستم رسمی با رویه تعریف‌شده است که بایستی در ارتباط با دیگر سیستم‌های رسمی مانند سیستم پشتیبانی تصمیم‌گیری مورداستفاده قرار گیرد. کاربرد اتوماسیون اداری بسیار ساده است؛ بنابراین، احتمال استفاده مدیر از آن بیشتر است. یک مدیر بایستی هم رایانه و هم دانش MIS را به‌منظور استفاده از بعضی از ابزارهای پیچیده سیستم پشتیبانی تصمیم‌گیری دارا باشد. ولی استفاده از اتوماسیون اداری احتیاج به چنین ابزار پیچیده توسط مدیر را ندارد به همین دلیل اتوماسیون اداری از جذابیت خاصی برخوردار است. از لحاظ حل مسئله و فضای حل مسئله نیز میتوان کاربردهای انواع سیستم‌های اطلاعاتی را با هم مورد مقایسه قرار داد، شکل شماره 2 نشان‌دهنده این تفاوت است. کاربردهای اتوماسیون اداری با شخص مدیران انطباق یافته و بهترین شکل برای مسائل کمتر ساختاریافته که ارتباطات غیررسمی فراوان است وفق می‌یابد. با وجود آنکه سیستم اتوماسیون اداری اطلاعات حل مسئله را در اختیار قرار می‌دهد، تصمیم در مورد نحوه به‌کارگیری آن به مدیران محول می‌شود.
طی دهه 1970 کارایی کارخانه‌ها 90-85 درصد بالا رفت، درحالی که کارایی دفتری تنها 4 درصد افزایش داشت، پس بایستی سیستم‌هایی به وجود می‌آمدند که موجب افزایش بهره‌وری و کارایی دفاتر هم می‌شدند، ازاین‌رو، بعد از تکامل سیستم‌های پردازش داده (DPS)، سیستم‌های اطلاعاتی مدیریت و سیستم‌های پشتیبانی تصمیم‌گیری، سیستم‌های اتوماسیون اداری به وجود آمدند. این سیستم‌ها از طریق فناوری اطلاعاتی از امور اداری حمایت کرده و موجب افزایش کارایی دفاتر می‌شوند. کارایی افزایش‌یافته ناشی از تکامل تبادل اطلاعات و سرعت و صحت اطلاعات در داخل دفتر و بین دفاتر و محیط آن‌ها بوده و درنتیجه با ارائه اطلاعات بهتر برای تصمیم‌گیری می‌تواند به مدیر سود برساند؛ اما بایستی توجه داشت که در حل یک مسئله بخش عمده‌ای از آن از طریق ارتباطات بین فردی حاصل می‌شود. مدیر و کارشناس اطلاعات باید به اتوماسیون اداری به عنوان ابزارهای مکمل چنین ارتباطات بین فردی بنگرند و درعین حالی که کاربردهای اتوماسیون اداری موجب کارایی و صرفه‌جویی هزینه‌ها و افزایش سرعت و ایجاد اداره بدون کاغذ می‌شود، از ابعاد دیگر موجب درهم و برهم شدن اسناد و پوشه‌ها به‌وسیله چاپگر رایانه، یا افزایش پیام‌های بی‌اهمیت و جزئی و پخش وسیع پیام‌ها در مورد پست الکترونیک می‌شود.
متأسفانه مطالعات آماری فقط نشان‌دهنده این هستند که کاربرد اتوماسیون اداری درحال گسترش زیادی است ولی این امر به ما نشان نمی‌دهد که آیا واقعاً اتوماسیون اداری برای ادارات مفید است یا فقط طبق فناوری روز ورود آن به ادارات دیده می‌شود. یک مسئله مشخص است: کمپانی‌هایی که طبق مطالعات آماری اقدام به جایگزینی سیستم‌های اتوماسیون اداری در طیف وسیع می‌کنند لزوماً موفق نیستند بلکه مطالعات نشان داده است بهتر است در هر اداره از اتوماسیون اداری در جایی که مفید واقع می‌شود و واقعاً به آن نیاز است استفاده بشود. در مقاله بیزینس ویک اشاره شده کمپانی‌هایی که بهترین اهداف را از به‌کارگیری اتوماسیون اداری کسب کرده‌اند و بالاترین کارآمدی را دارند آنهایی هستند که مشخصاً از اتوماسیون اداری درجای مربوط استفاده می‌کنند.
نکته آخر و مهم اینکه در کاربرد سیستم‌های اتوماسیون اداری و اعمال تغییر و تحولات از طریق آن‌ها بایستی به مباحث ارگونومیک (مهندسی انسانی) و مقاومت در برابر تغییر کارکنان و تکنیک‌های مناسب غلبه بر مقاومت آن‌ها نیز توجه اساسی داشته باشیم و با استفاده از نگرش سیستمی، اقدام به تغییر و تحولات و به‌کارگیری سیستم‌های اتوماسیون اداری کنیم و بدانیم که نیروی انسانی هم به عنوان مهم‌ترین عامل ایجادکننده تغییر و هم به عنوان پذیرنده و اجراکننده آن است.
